一种新的快速稳健的单细胞分析方法

我们身体中的许多细胞类型以一种模糊的方式工作，这并没有被科学完全理解。这也适用于免疫细胞，这对保护我们免受严重疾病的侵害非常重要。

为了克服这一障碍，研究人员做了大量的努力来寻找研究单细胞内功的新方法。

“挑战不仅仅是从组织样本中分离出单个细胞。我们仍然需要找到一种方法来确定单个细胞的功能，”生物化学和分子生物学系助理教授兼首席研究员Kedar Nath Natarajan说。南丹麦大学。

在由韦尔科姆桑格研究所的凯达纳特纳塔拉詹和陈曦领导的一项新研究中，一个研究小组开发了一种对器官和组织中的微小单细胞进行显微分析的新方法。

这种新方法可以分析来自脾脏的3000多个细胞，脾脏是各种免疫细胞的热点。细胞可以抵抗感染，但也可以提供日常免疫和反应。

不断开发新方法，用显微镜观察器官和组织中的微小单细胞。原理是研究生的基本蓝图，也就是DNA以及如何将其包装在单个细胞中。这个包叫做染色质，它指示蓝图中的哪些基因被打开和关闭，从而决定它是变成血细胞、皮肤细胞、免疫细胞、癌细胞还是其他类型的细胞。

Kedar Nath Natarajan说：“我们的新方法描述了单个细胞中的染色质，并为现有技术提供了一种强大、可扩展和更便宜的替代方案，现有技术需要昂贵的基础设施、特殊试剂和设备。

他与韦尔科姆桑格研究所的第一作者陈曦一起，领导了新方法的开发，并引入了各种细胞，包括免疫细胞、干细胞等。韦尔科姆桑格研究所的另一个贡献者是里卡多米拉盖亚，该研究已在通讯作者萨拉泰希曼的实验室中完成。

本文摘要给出如下描述：

通过测序确定转座酶可及染色质(ATAC序列)被广泛用于鉴定全基因组中的调节区。然而，由于技术挑战，很少在单细胞水平上进行研究(scATAC-seq)。在这里，我们开发了一个简单而强大的基于板的scATACseq方法，它将前端批处理Tn5标记与单核排序相结合。我们已经证明，我们的方法在各种系统中稳健地工作，包括来自原代组织的新鲜和冷冻保存的细胞。通过分析3000多个脾细胞，我们鉴定了不同的免疫细胞类型，并揭示了细胞类型特异性调节区和相关转录因子。